Очистка белков - Википедия - Protein purification
Очистка белков представляет собой серию процессов, предназначенных для изоляции одного или нескольких белки из сложной смеси, обычно клетки, ткани или целые организмы. Очистка белка жизненно важна для характеристики функции, структуры и взаимодействия интересующего белка. В процессе очистки можно отделить белковые и небелковые части смеси и, наконец, отделить желаемый белок от всех других белков. Отделение одного белка от всех остальных обычно является наиболее трудоемким аспектом очистки белка. На этапах разделения обычно используются различия в размере белков, физико-химических свойствах, аффинности связывания и биологическая активность. Чистый результат можно назвать белковый изолят.
Цель
Очистка белков - это либо подготовительный или же аналитический. Препаративные очистки стремятся производить относительно большое количество очищенных белков для последующего использования. Примеры включают приготовление коммерческих продуктов, таких как ферменты (например. лактаза ), пищевые белки (например, соевый протеин изолировать), и некоторые биофармацевтические препараты (например. инсулин ). Для удаления побочных продуктов часто используются несколько этапов препаративной очистки, например белки клетки-хозяина, что представляет собой потенциальную угрозу для здоровья пациента.[1] Аналитическая очистка производит относительно небольшое количество белка для различных исследовательских или аналитических целей, включая идентификацию, количественную оценку и исследования структура белка, посттрансляционные модификации и функция. Пепсин и уреаза были первыми белками, очищенными до такой степени, что они могли кристаллизоваться.[2]
Предварительные шаги
Добыча
Если интересующий белок не секретируется организмом в окружающий раствор, первым шагом каждого процесса очистки является разрушение клеток, содержащих белок. В зависимости от того, насколько хрупок белок и насколько стабильны клетки, можно, например, использовать один из следующих методов: i) многократное замораживание и оттаивание, ii) обработка ультразвуком, iii) гомогенизация высоким давлением (Французская пресса ), iv) гомогенизация путем измельчения (бисерная мельница) и v) стабилизация проницаемости детергентами (например, Тритон Х-100 ) и / или ферменты (например, лизоцим ).[3] Наконец, остатки клеток можно удалить центрифугированием, чтобы белки и другие растворимые соединения оставались в супернатанте.
Также протеазы освобождаются во время камеры лизис, который начнет переваривать белки в растворе. Если интересующий белок чувствителен к протеолиз, рекомендуется действовать быстро и держать экстракт охлажденным, чтобы замедлить пищеварение. В качестве альтернативы один или несколько ингибиторы протеазы могут быть добавлены в буфер для лизиса непосредственно перед разрушением клеток. Иногда также необходимо добавить ДНКаза чтобы снизить вязкость клеточного лизата, вызванную высоким ДНК содержание.
Осаждение и дифференциальная солюбилизация
При объемной очистке белка обычно первым шагом выделения белков является осадки с сульфат аммония (NH4)2ТАК4.[4] Это выполняется путем добавления увеличивающегося количества сульфата аммония и сбора различных фракций осажденного белка. Впоследствии сульфат аммония можно удалить с помощью диализ. Во время стадии осаждения сульфатом аммония гидрофобные группы, присутствующие в белках, подвергаются воздействию атмосферы, привлекая другие гидрофобные группы; в результате образуется совокупность гидрофобных компонентов. В этом случае осадок белка обычно виден невооруженным глазом. Одним из преимуществ этого метода является то, что его можно выполнять недорого даже при очень больших объемах.
Первыми очищаемыми белками являются водорастворимые белки. Очистка от интегральные мембранные белки требует нарушения клеточная мембрана для того, чтобы изолировать любой конкретный белок от других, находящихся в том же мембранном отсеке. Иногда сначала можно выделить конкретную мембранную фракцию, например, изолировать митохондрии из клеток до очистки белка, расположенного в митохондриальной мембране. А моющее средство Такие как додецилсульфат натрия (SDS) можно использовать для растворения клеточных мембран и удержания мембранных белков в растворе во время очистки; однако, поскольку SDS вызывает денатурация, более мягкие моющие средства, такие как Тритон Х-100 или же ЧАПСЫ может использоваться для сохранения нативной конформации белка во время полной очистки.
Ультрацентрифугирование
Центрифугирование это процесс, который использует центробежная сила для разделения смесей взвешенных в жидкости частиц различной массы или плотности. Когда сосуд (обычно пробирка или бутылка), содержащий смесь белков или других твердых частиц, таких как бактериальные клетки, вращается с высокой скоростью, инерция каждой частицы создает силу в направлении скорости частицы, которая пропорциональна ее массе. Тенденция данной частицы перемещаться через жидкость из-за этой силы компенсируется сопротивлением, которое жидкость оказывает частице. Чистый эффект "вращения" образца в центрифуга заключается в том, что массивные, маленькие и плотные частицы движутся наружу быстрее, чем менее массивные частицы или частицы с большим «сопротивлением» в жидкости. Когда суспензии частиц «вращаются» в центрифуге, на дне сосуда может образовываться «осадок», который обогащается наиболее массивными частицами с низким сопротивлением жидкости.
Неуплотненные частицы остаются в основном в жидкости, называемой «супернатант», и их можно удалить из сосуда, тем самым отделив супернатант от осадка. Скорость центрифугирования определяется угловым ускорение применяется к образцу, обычно измеряется по сравнению с грамм. Если образцы центрифугируются достаточно долго, частицы в сосуде достигают равновесия, при котором частицы накапливаются именно в той точке сосуда, где их плавучая плотность уравновешивается центробежной силой. Такое «равновесное» центрифугирование может обеспечить обширную очистку данной частицы.
Центрифугирование сахарозы в градиенте - линейный градиент концентрации сахара (обычно сахароза, глицерин или среда градиента плотности на основе диоксида кремния, например Percoll ) создается в трубке, так что самая высокая концентрация находится внизу, а самая низкая - вверху. Percoll - торговая марка, принадлежащая компаниям GE Healthcare. Затем образец белка наслаивается поверх градиента и вращается на высоких скоростях в ультрацентрифуга. Это заставляет тяжелые макромолекулы перемещаться к дну пробирки быстрее, чем более легкий материал. Во время центрифугирования в отсутствие сахарозы по мере того, как частицы перемещаются все дальше и дальше от центра вращения, они испытывают все большую и большую центробежную силу (чем дальше они движутся, тем быстрее они движутся). Проблема заключается в том, что полезный диапазон разделения внутри емкости ограничен небольшим окном наблюдения. Вращение образца вдвое не означает, что интересующая частица уйдет вдвое дальше, фактически, она пойдет значительно дальше. Однако, когда белки движутся через градиент сахарозы, они сталкиваются с жидкостью увеличивающейся плотности и вязкости. Правильно спроектированный градиент сахарозы будет противодействовать возрастающей центробежной силе, поэтому частицы перемещаются пропорционально времени, в течение которого они находились в центробежном поле. Образцы, разделенные этими градиентами, называются центрифугированием с "зональной скоростью". После разделения белка / частиц градиент фракционируют и собирают.
Стратегии очистки
Выбор исходного материала является ключом к разработке процесса очистки. У растений или животных определенный белок обычно неравномерно распределяется по организму; разные органы или ткани имеют более высокие или более низкие концентрации белка. Использование только тканей или органов с самой высокой концентрацией уменьшает объемы, необходимые для производства определенного количества очищенного белка. Если белок присутствует в небольшом количестве или имеет высокую ценность, ученые могут использовать рекомбинантная ДНК технология для развития клеток, которые будут производить большое количество желаемого белка (это известно как система экспрессии ). Рекомбинантная экспрессия позволяет маркировать белок, например по Его тег[5] или же Стреп-тег[6] для облегчения очистки, уменьшая количество требуемых стадий очистки.
Аналитическая очистка обычно использует три свойства для разделения белков. Во-первых, белки можно очистить в соответствии с их изоэлектрическими точками, пропустив их через гель с регулируемым уровнем pH или ионообменную колонку. Во-вторых, белки можно разделить по размеру или молекулярной массе с помощью эксклюзионная хроматография или по SDS-СТРАНИЦА (электрофорез в полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия) анализ. Белки часто очищают с помощью 2D-СТРАНИЦА и затем анализируются дактилоскопия пептидной массы для установления идентичности белка. Это очень полезно для научных целей, а пределы обнаружения белка в настоящее время очень низкие, и количество белка в нанограммах является достаточным для их анализа. В-третьих, белки можно разделить по полярности / гидрофобности через высокоэффективная жидкостная хроматография или же обращенно-фазовая хроматография.
Обычно протокол очистки белка содержит одну или несколько хроматографических стадий. Основная процедура в хроматографии - пропустить раствор, содержащий белок, через колонку, заполненную различными материалами. Различные белки по-разному взаимодействуют с материалом колонки и, таким образом, могут быть разделены по времени, необходимому для прохождения через колонку, или по условиям, необходимым для элюирования белка из колонки. Обычно белки обнаруживаются по мере их выхода из колонки по их поглощению при 280 нм. Существует множество различных хроматографических методов:
Эксклюзионная хроматография
Хроматография может использоваться для разделения белка в растворе или денатурирующие условия с помощью пористых гелей. Этот метод известен как эксклюзионная хроматография. Принцип состоит в том, что молекулы меньшего размера должны проходить через больший объем пористой матрицы. Следовательно, белки определенного диапазона размеров потребуют переменного объема элюента (растворителя) перед их сбором на другом конце колонки с гелем.
В контексте очистки белка элюент обычно помещают в разные пробирки. Все пробирки, не содержащие поддающихся измерению следов белка, подлежащего очистке, выбрасывают. Таким образом, оставшийся раствор состоит из очищаемого белка и любых других белков аналогичного размера.
Разделение на основе заряда или гидрофобности
Хроматография гидрофобного взаимодействия
Среда HIC является амфифильной с гидрофобными и гидрофильными областями, что позволяет разделять белки на основе их поверхностной гидрофобности. Целевые белки и их агрегированные виды продуктов, как правило, имеют разные гидрофобные свойства, и их удаление с помощью HIC дополнительно очищает интересующий белок.[7] Кроме того, в используемой среде обычно используются менее жесткие денатурирующие условия, чем при других методах хроматографии, что помогает сохранить интересующий белок в его естественном и функциональном состоянии. В чистой воде взаимодействия между смолой и гидрофобными участками белка были бы очень слабыми, но это взаимодействие усиливается путем нанесения образца белка на смолу HIC в буфере с высокой ионной силой. Затем ионная сила буфера снижается для элюирования белков в порядке уменьшения гидрофобности.[8]
Ионообменная хроматография
Ионообменная хроматография разделяет соединения в зависимости от природы и степени их ионного заряда. Используемая колонка выбирается в зависимости от ее типа и силы заряда. Анионообменные смолы имеют положительный заряд и используются для удержания и разделения отрицательно заряженных соединений (анионов), в то время как катионообменные смолы имеют отрицательный заряд и используются для разделения положительно заряженных молекул (катионов).
Перед началом разделения через колонку прокачивают буфер, чтобы уравновесить противоположно заряженные ионы. После введения образца молекулы растворенного вещества будут обмениваться с ионами буфера, поскольку каждая из них будет бороться за участки связывания на смоле. Продолжительность удержания каждого растворенного вещества зависит от силы его заряда. Сначала элюируются наиболее слабо заряженные соединения, а затем соединения с более сильным зарядом. Из-за природы механизма разделения pH, тип буфера, концентрация буфера и температура - все они играют важную роль в управлении разделением.
Ионообменная хроматография - очень мощный инструмент для очистки белков, который часто используется как для аналитического, так и для препаративного разделения.
Электрофорез в свободном потоке
Электрофорез в свободном потоке (FFE) - это метод электрофореза без носителей, который позволяет препаративное разделение белков в ламинарном буферном потоке с использованием ортогонального электрического поля. Используя градиент pH, который, например, может быть вызван амфолиты, этот прием позволяет отделить изоформы белка до разрешения <0,02 дельта-pI.
Аффинная хроматография
Аффинная хроматография - это метод разделения, основанный на конформации молекул, при котором часто используются смолы, специфичные для конкретного применения. Эти смолы имеют лиганды прикрепленные к их поверхностям, которые являются специфическими для разделяемых соединений. Чаще всего эти лиганды действуют аналогично взаимодействиям антитело-антиген. Этот "замок и ключ" между лигандом и его целевым соединением делает его очень специфичным, часто генерируя единственный пик, в то время как все остальное в образце не сохраняется.
Многие мембранные белки гликопротеины и может быть очищен лектин аффинная хроматография. Солюбилизированным детергентом белкам можно дать возможность связываться с хроматографической смолой, которая была модифицирована, чтобы иметь ковалентно присоединенный лектин. Белки, которые не связываются с лектином, вымываются, а затем специфически связанные гликопротеины могут быть элюированы путем добавления сахара в высокой концентрации, который конкурирует со связанными гликопротеинами в сайте связывания лектина. Некоторые лектины обладают высокой аффинностью связывания с олигосахариды гликопротеинов, которые трудно конкурировать с сахарами, и связанные гликопротеины должны высвобождаться путем денатурирования лектина.
Иммуноаффинная хроматография
Иммуноаффинная хроматография использует специфическое связывание антитело -антиген для избирательной очистки целевого белка. Процедура включает в себя иммобилизацию белка на твердом субстрате (например, пористом шарике или мембране), который затем избирательно связывает цель, в то время как все остальное проходит через него. Целевой белок можно элюировать, изменив pH или соленость. Иммобилизованный лиганд может быть антителом (таким как Иммуноглобулин G ) или это может быть белок (например, Белок А ). Поскольку этот метод не требует разработки тегов, его можно использовать для белков из природных источников.[9]
Очистка меченого белка
Еще один способ пометить белки - создать антиген пептидной метки на белок, а затем очистите белок на колонке или инкубируя с рыхлой смолой, покрытой иммобилизованным антитело. Эта конкретная процедура известна как иммунопреципитация. Иммунопреципитация вполне способен генерировать чрезвычайно специфическое взаимодействие, которое обычно приводит к связыванию только желаемого белка. Затем очищенные меченые белки можно легко отделить от других белков в растворе, а затем элюировать обратно в чистый раствор.
Когда теги больше не нужны, они могут быть отщеплены протеазой. Это часто связано с разработкой протеаза сайт расщепления между меткой и белком.
ВЭЖХ
Высокоэффективная жидкостная хроматография или жидкостная хроматография высокого давления - это форма хроматографии, в которой применяется высокое давление для более быстрого прохождения растворенных веществ через колонку. Это означает, что диффузия ограничена, а разрешение улучшено. Наиболее распространенной формой является ВЭЖХ с обращенной фазой, когда материал колонки гидрофобный. Белки элюируются градиент увеличения количества органический растворитель, например ацетонитрил. Белки элюируются в соответствии с их гидрофобностью. После очистки с помощью ВЭЖХ белок находится в растворе, который содержит только летучий соединения и могут быть легко лиофилизированы.[10] Очистка с помощью ВЭЖХ часто приводит к денатурации очищенных белков и, таким образом, неприменима к белкам, которые не образуют спонтанной складки.
Концентрация очищенного протеина
В конце очистки белка часто приходится концентрировать белок. Существуют разные методы.
Лиофилизация
Если раствор не содержит других растворимых компонентов, кроме рассматриваемого белка, белок может быть лиофилизированный (сушеные). Обычно это делается после анализа ВЭЖХ. Это просто удаляет все летучие компоненты, оставляя белки позади.
Ультрафильтрация
Ультрафильтрация концентрирует белковый раствор с помощью селективных проницаемых мембран. Функция мембраны - пропускать воду и небольшие молекулы, сохраняя при этом белок. Раствор прижимается к мембране механическим насосом, давлением газа или центрифугированием.
Оценка выхода очистки
Самый общий метод наблюдения за процессом очистки - запуск SDS-СТРАНИЦА различных шагов. Этот метод дает лишь приблизительную оценку количества различных белков в смеси, и он не может различить белки с похожими видимыми характеристиками. молекулярный вес.
Если белок имеет отличительный спектроскопический особенность или ферментативная активность, это свойство можно использовать для обнаружения и количественной оценки конкретного белка и, таким образом, для выбора фракций разделения, которые содержат белок. Если антитела против белка доступны, тогда вестерн-блоттинг и ELISA может конкретно определять и количественно определять количество желаемого белка. Некоторые белки функционируют как рецепторы и может быть обнаружен на этапах очистки с помощью связывание лиганда анализ, часто с использованием радиоактивный лиганд.
Чтобы оценить процесс многоступенчатой очистки, количество конкретного белка необходимо сравнить с количеством общего белка. Последний можно определить по Анализ общего белка по Брэдфорду или по поглощению света при 280 нм однако некоторые реагенты, используемые в процессе очистки, могут мешать количественному определению. Например, имидазол (обычно используется для очистки рекомбинантных белков, меченных полигистидином) является аналогом аминокислоты и в низких концентрациях будет мешать анализ бицинхониновой кислоты (BCA) для количественного определения общего белка. Примеси в имидазоле низкого качества также будут поглощать на длине волны 280 нм, что приведет к неточному измерению концентрации белка по УФ-поглощению.
Другой метод, который следует рассмотреть, - это поверхностный плазмонный резонанс (SPR). SPR может обнаруживать связывание свободных от меток молекул на поверхности чипа. Если желаемый белок представляет собой антитело, связывание может быть напрямую переведено на активность белка. Активную концентрацию белка можно выразить как процент от общего белка. SPR может быть мощным методом для быстрого определения активности белка и общего выхода. Это мощная технология, для работы которой необходим инструмент.
Аналитический
Электрофорез в денатурирующих условиях
Гель-электрофорез это распространенный лабораторный метод, который может использоваться как препаративный, так и аналитический метод. Принцип электрофорез основан на движении заряженного иона в электрическом поле. На практике белки денатурируют в растворе, содержащем детергент (SDS ). В этих условиях белки разворачиваются и покрываются отрицательно заряженными молекулами детергента. Белки в SDS-СТРАНИЦА разделяются только по размеру.
В аналитических методах белок перемещается в виде полос в зависимости от размера. Каждую полосу можно обнаружить с помощью пятен, таких как Кумасси синий краситель или серебряное пятно. Препаративные методы очистки больших количеств белка требуют экстракции белка из электрофоретического геля. Эта экстракция может включать удаление геля, содержащего полосу, или элюирование полосы непосредственно с геля, когда она стекает с конца геля.
В контексте стратегии очистки электрофорез в денатурирующих условиях обеспечивает улучшенное разрешение по сравнению с эксклюзионной хроматографией, но не масштабируется до большого количества белков в образце, а также поздних колонки для хроматографии.
Электрофорез в неденатурирующих условиях
Неденатурирующая электрофоретическая процедура для выделения биологически активных металлопротеины в сложных белковых смесях проводится препаративный нативный ПААГ. Целостность или структурный целостность изолированного белка должна быть подтверждена независимым методом.[11]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Ван Х, Хантер А.К., Мозье Н.М. (июнь 2009 г.). «Белки клетки-хозяина в разработке биопрепаратов: идентификация, количественное определение и оценка риска». Биотехнологии и биоинженерия. 103 (3): 446–58. Дои:10.1002 / бит. 22304. PMID 19388135.
- ^ «Нобелевская премия по химии 1946 года». Получено 26 января 2014.
- ^ Области применения РК (1994). Очистка белка - Springer. Дои:10.1007/978-1-4757-2333-5. ISBN 978-1-4419-2833-7.
- ^ Вингфилд П. (май 2001 г.). «Осаждение белка сульфатом аммония». Текущие протоколы в науке о белке. Приложение 3: A.3F.1 – A.3F.8. Дои:10.1002 / 0471140864.psa03fs13. ISBN 978-0471140863. ЧВК 4817497. PMID 18429073.
- ^ Spriestersbach A, Kubicek J, Schäfer F, Block H, Maertens B (2015). «Очистка белков с меткой His». Методы в энзимологии. Эльзевир. 559: 1–15. Дои:10.1016 / bs.mie.2014.11.003. ISBN 9780128002797. PMID 26096499.
- ^ Шмидт Т.Г., Скерра А. (2007). «Система Strep-tag для одноэтапной очистки и высокоаффинного обнаружения или захвата белков». Протоколы природы. 2 (6): 1528–35. Дои:10.1038 / nprot.2007.209. PMID 17571060.
- ^ МакКью, Джастин Т. (2009). Теория и использование хроматографии гидрофобного взаимодействия в приложениях для очистки белков. Методы в энзимологии. 463. С. 405–414. Дои:10.1016 / S0076-6879 (09) 63025-1. ISBN 9780123745361. ISSN 1557-7988. PMID 19892185.
- ^ Кеннеди, Р.М. (1990). Гидрофобная хроматография. Методы в энзимологии. 182. С. 339–43. Дои:10.1016/0076-6879(90)82029-2. ISBN 9780121820831. PMID 2314246.
- ^ Ehle H, Horn A (1990). «Иммуноаффинная хроматография ферментов». Биоразделение. 1 (2): 97–110. PMID 1368167.
- ^ Regnier FE (октябрь 1983 г.). «Высокоэффективная жидкостная хроматография биополимеров». Наука. 222 (4621): 245–52. Bibcode:1983Научный ... 222..245R. Дои:10.1126 / science.6353575. PMID 6353575.
- ^ Кастенхольц Б (2004). «Препаративный нативный непрерывный электрофорез в полиакриламидном геле (PNC ‐ PAGE): эффективный метод выделения кофакторов кадмия в биологических системах». Аналитические письма. 37 (4): 657–665. Дои:10.1081 / AL-120029742.