Экзонуклеаза III - Exonuclease III

Экзонуклеаза III
ExonucleaseIIIfromEColi.png
Кристаллическая структура экзонуклеазы III
из Кишечная палочка.[1][2]
Идентификаторы
ОрганизмШтамм E. coli K-12 / MG1655
СимволxthA
Альт. символыExoIII
Entrez946254
RefSeq (Prot)NP_416263
UniProtP09030
Прочие данные
Номер ЕС3.1.11.2
Хромосомагеном: 1.83 - 1.83 Мб

Экзонуклеаза III (ExoIII) - это фермент что принадлежит экзонуклеаза семья. ExoIII катализирует поэтапное удаление мононуклеотидов с 3´-гидроксильных концов двухцепочечных ДНК.[1] Ограниченное количество нуклеотиды удаляются во время каждого события связывания, что приводит к скоординированным прогрессирующим делециям в популяции ДНК молекулы.[2]

Функция

Предпочтительными субстратами являются тупые или утопленные 3'-концы, хотя ExoIII также действует в разрывах в дуплексной ДНК, создавая одноцепочечные разрывы. Фермент не активен в отношении одноцепочечной ДНК, и поэтому выступающие 3´ концы устойчивы к расщеплению. Степень сопротивления зависит от длины удлинения, при этом удлинения, составляющие 4 основания или более, по существу устойчивы к расщеплению. Это свойство используется для создания однонаправленных удаления от линейной молекулы с одним устойчивым (3´-выступ) и одним чувствительным (тупым или 5´-выступающим) концом.[3]

Активность ExoIII частично зависит от спиральной структуры ДНК.[4] и отображает зависимость от последовательности (C> A = T> G).[5]

Сообщалось также, что ExoIII обладает активностью РНКазы H, 3´-фосфатазы и AP-эндонуклеазы.[1]

Текущие исследования

Существует множество различных экзонуклеаз, и многие из них еще предстоит обнаружить у бактерий, в настоящее время проводятся исследования на E. кишечная палочка. Многие экзонуклеазы попадают в суперсемейства с разными доменами жизни, что доказывает, что экзонуклеаза III является древней. Экзонуклеазы возникли на раннем этапе истории жизни и играют жизненно важную биологическую роль.[6] Экзонуклеаза III специально изучается на предмет ее активности и функции, текущее исследование, проводимое Университетом Гачон, исследует обнаружение эндонуклеазы III с использованием нанокластеров меди (ДНК-CuNC), созданных по шаблону. Исследование показало, что на этот фермент влияют концентрации ионов магния и натрия. Подобные исследования важны, потому что их можно использовать в качестве детектора болезней.[7]

Регулирование

Температура, соль концентрация и соотношение фермента к ДНК сильно влияет на активность фермента, что требует реакция условия должны быть адаптированы к конкретным приложениям.

Рекомендации

  1. ^ а б c PDB: 1ако​; Мол CD, Куо С.Ф., Тайер М.М., Каннингем Р.П., Тайнер Дж.А. (март 1995 г.). «Структура и функция многофункционального фермента репарации ДНК экзонуклеазы III». Природа. 374 (6520): 381–6. Bibcode:1995Натура 374..381М. Дои:10.1038 / 374381a0. PMID  7885481.
  2. ^ а б Изображение визуализировано в MacPyMOL © 2006 DeLano Scientific
  3. ^ Роджерс С.Г., Вайс Б. (1980). «Экзонуклеаза III Escherichia coli K-12, эндонуклеаза AP». Методы в энзимологии. 65 (1): 201–11. Дои:10.1016 / S0076-6879 (80) 65028-9. ISBN  978-0-12-181965-1. PMID  6246343. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  4. ^ Маниатис Т., Сэмбрук Дж., Фрич Э.Ф. (1989). Молекулярное клонирование: лабораторное руководство (2-е изд.). Колд-Спринг-Харбор, штат Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. стр.5.84–5. ISBN  978-0-87969-309-1.
  5. ^ Хеникофф С (июнь 1984 г.). «Однонаправленное расщепление экзонуклеазой III создает целевые точки останова для секвенирования ДНК». Ген. 28 (3): 351–9. Дои:10.1016/0378-1119(84)90153-7. PMID  6235151.
  6. ^ Ловетт ST (декабрь 2011 г.). «Экзонуклеазы ДНК Escherichia coli». EcoSal Plus. 4 (2). Дои:10.1128 / ecosalplus.4.4.7. ЧВК  4238392. PMID  26442508.
  7. ^ Ли К., Банда Дж. (Сентябрь 2018 г.). «Быстрое и простое определение активности экзонуклеазы III без использования метки с помощью шаблонных нанокластеров меди» (PDF). Журнал микробиологии и биотехнологии. 28 (9): 1467–1472. Дои:10.4014 / jmb.1805.04060. PMID  30369112.

дальнейшее чтение