Рибонуклеаза Т1 - Википедия - Ribonuclease T1

Не путать с рибонуклеаза Т или же рибонуклеаза Т2.
Рибонуклеаза Т1
9rnt.jpg
Идентификаторы
Номер ЕС3.1.27.3
Количество CAS9026-12-4
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
БРЕНДАBRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmiGO / QuickGO
Рибонуклеаза Т1
РНКаза-Т1 pdb 1ygw.jpg
Рибонуклеаза Т1 из Aspergillus oryzae.[1]
Идентификаторы
СимволrntA
PDB1YGW
UniProtP00651
Прочие данные
Номер ЕС3.1.27.3

Рибонуклеаза Т1 (EC 3.1.27.3, гуанилорибонуклеаза, Рибонуклеаза Aspergillus oryzae, РНКаза N1, РНКаза N2, рибонуклеаза N3, рибонуклеаза U1, рибонуклеаза F1, рибонуклеаза Ch, рибонуклеаза PP1, рибонуклеаза SA, РНКаза F1, рибонуклеаза C2, биназа, РНКаза Sa, гуанил-специфическая РНКаза, РНКаза G, РНКаза Т1, рибонуклеаза гуаниненуклеотидо-2'-трансфераза (циклизующая), рибонуклеаза N3, рибонуклеаза N1) это грибковый эндонуклеаза который расщепляет одноцепочечный РНК после гуанин остатки, т.е. на их 3'-конце; наиболее часто изучаемая форма этого фермент версия найдена в плесень Aspergillus oryzae. Благодаря своей специфичности к гуанину, РНКаза Т1 часто используется для переваривания денатурированных РНК до секвенирования. Подобно другим рибонуклеазам, таким как Barnase и РНКаза А, рибонуклеаза Т1 был популярен для изучения складок.[2]

Структурно рибонуклеаза Т1 представляет собой небольшой белок α + β (104 аминокислоты ) с четырехцепочечным антипараллельным бета-лист покрывая длинный альфа спираль (почти пять витков). РНКаза Т1 имеет две дисульфидные связи, Cys2-Cys10 и Cys6-Cys103, из которых последняя вносит больший вклад в стабильность его укладки;[3] полное восстановление обоих дисульфидов обычно разворачивает белок, хотя его укладку можно спасти с помощью высоких концентраций соли.[4]

РНКаза Т1 также есть четыре пролины, два из которых (Pro39 и Pro55) имеют СНГ изомеры их X-Pro пептидные связи. Ненативные изомеры этих пролинов могут резко замедлять конформационное сворачивание,[5] сворачивание в характерном временном масштабе 7000 секунд (почти два часа) при 10 ° C и pH 5.[6]

Рекомендации

  1. ^ PDB: 1ygw​; Пфайффер С., Карими-Неджад Й., Рютержанс Х. (1997). «Пределы определения структуры ЯМР с использованием расчетов переменной целевой функции: рибонуклеаза T1, тематическое исследование ". Журнал молекулярной биологии. 266 (2): 400–423. Дои:10.1006 / jmbi.1996.0784. PMID  9047372.
  2. ^ Pace CN, Heinemann U, Hahn U, Saenger W (1991). "Рибонуклеаза Т1: Структура, функции и стабильность ». Angewandte Chemie. 30 (4): 343–360. Дои:10.1002 / anie.199103433.
  3. ^ Пейс С. Н., Гримсли Г. Р., Томсон Дж. А., Барнетт Б. Дж. (1988). «Конформационная стабильность и активность рибонуклеазы Т1 с нулевой, одной и двумя неповрежденными дисульфидными связями ». Журнал биологической химии. 263 (24): 11820–11825. PMID  2457027.
  4. ^ Обатаке М., Такахаши С., Оои Т. (1979). «Конформационная стабильность рибонуклеазы Т1. II. Ренатурация, индуцированная солью ». Журнал биохимии. 86: 65–70.
  5. ^ Майр Л.М., Одефей СО, Шутковский М., Шмид FX (1996). «Кинетический анализ разворачивания и рефолдинга рибонуклеазы Т1 методом двойного перемешивания с остановленным потоком ". Биохимия. 35 (17): 5550–5561. Дои:10.1021 / bi953035y. PMID  8611546.
  6. ^ Маллинз LS, Пейс CN, Раушель FM (1997). «Конформационная стабильность рибонуклеазы Т1 измеряется обменом водород-дейтерий ". Белковая наука. 6 (7): 1387–1395. Дои:10.1002 / pro.5560060702. ЧВК  2143755. PMID  9232639.

внешняя ссылка